本校於民國51年創辦時即設有理學部，至民國69年奉命改為中國文化大學，理學部也改制成理學院。 
首任院長由原理學部主任鄧天德先生擔任，任期從民國69年7月1日至民國74年6月30日止；
後由殷富先生繼任，任期則從民國74年7月1日至民國79年7月31日止；
而從民國79年8月1日起至民國86年7月31日止，由原地理學系主任及地學研究所所長劉鴻喜先生接任；
民國86年8月1日起至民國99年7月31日止，由大氣科學系主任劉廣英先生接任；
民國99年8月1日起至民國112年1月31日止，由盧光輝教授接任；
自民國112年2月1日起，由蘇平貴教授接任院長職務。 

理學院為培養基礎科學人才的搖籃，所擁有的系、所、組多達十一個。
在數理科學方面有：應用數學系、光電物理學系、化學系；
在地球科學方面有：地理學系、地質學系、大氣科學系、生命科學系。
在研究所方面有：地學研究所碩士班分地理、地質、大氣科學三組，培養碩士人才，另有博士班，培養高級地學專業人才；
應用化學研究所，現有碩士班，培養應用化學碩士人才。